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從2005年檢測出屏東石斑養殖業者違法使用此物質，2012年年來自湖南的進口大閘蟹，2015年銷日的鰻魚到去年（2016）的大賣場海產危機，都和孔雀綠殘留有關。究竟“孔雀綠”是某種的化學物質？為何與水產養殖息息相關？人體會產生危害危害？要回答這些問題，我們先從孔雀綠的組成與歷史認識起。
孔雀綠（Malachite green，亦稱孔雀石綠）是1877年由德國有機化學家Hermann
Fischer首度合成出的有機化合物鹽類，外觀為亮綠色，帶金屬光澤的晶體。其化學結構是由三個苯環與位于核心的碳原子相連接的，其中兩個位于不同苯環的氫，取代為二氨基胺基（如下圖），被歸類為三苯甲烷類的延伸染料1。雖然被替換孔雀綠，但與天然礦物孔雀石2是截然不同的組成，僅因顏色相似故得「孔雀石」之名。
1936年美國科學家Fred Foster與Lowell Woodbury發現孔雀綠水溶液1950年代孔雀綠被發現能去除魚體內，外的寄生蟲，1980年代更發現除了可以用作魚體的殺菌外，也可以用于魚卵，預防并發癥的感染；多用途的殺菌消毒功能，利用孔雀綠仍在不斷地利用魚類生病的治療藥物以及預防感染的藥物。
既然因為孔雀綠在魚類養殖上有很多好處，為什么會被衛生機構嚴格控制呢？這是因為它雖然可以消除水生環境的病原體，但很少使用也會對魚的健康產生影響，造成魚鰓與魚只是，孔雀綠的半數致死量會受到環境因素（如溫度和pH酸堿值）以及魚種的影響，較早難下定論。
美國國家毒理學計劃（National National Toxicology Programme）從大小鼠研究中發現孔雀綠具有肝毒性，導致肝臟腫大及空泡化，甲狀腺產生濾泡性囊腫，某些老鼠的體重也有明顯發作的趨勢，疑似有致癌性，但目前仍在無明確證據。其他研究也指出孔雀綠會危害肺臟，胸腺以及卵巢，并且可能造成基因受損，甚至突變。在紐西蘭懷孕白兔的實驗中，則觀察到孔雀綠會造成病變發展不全，簡言之，孔雀綠對許多器官都具有毒性，并且可能影響胎兒發育。
顯而易見的是，孔雀綠通過生物體吸收后，肝臟酵素素轉變其代謝轉化為“還原型孔雀綠”，其化學結構與孔雀綠相似，但連接苯環與核心碳原子的雙鍵以及苯環胺基上的雙鍵，因接上氫原子而形成單鍵，不再帶任何雜質。
還原型孔雀綠（leucomalachite green）的結構，與圖2孔雀綠列出，胺基與核心碳原子的雙鍵皆接上氫，而變成單鍵，不再帶有，故非鹽類。圖／ PubChem
還原型孔雀綠的毒性與孔雀綠相似，但又更容易累積在生物體內的輕微與內臟里，不易代謝，即使在低劑量情況下雖然沒有立即性危害，但若每日涉入入殘留殘留孔雀綠現有的環保署已將孔雀綠歸類為“第四類毒性化合物”，即雖無立即性危害，但有污染環境與危害人體之疑慮。
雖然目前聯合國糧食總署，世界衛生組織聯合食物添加專家委員會，以及國際癌癥研究中心等國際組織尚未評估孔雀綠的食用安全問題，但日本，美國，加拿大，歐盟，泰國，中國及臺灣等國皆已已明令禁止養殖漁業（食用魚類）使用孔雀綠。
歐洲食品安全局的研究認為，孔雀綠殘留在水產食品的劑量若低于2微克/公斤（也就是2ppb），對人體應不致于影響健康，也可以設置控制管進出口海鮮產品的檢測標準。加拿大，日本與常規則采用儀器“無法檢測出”孔雀綠伴隨還原型態的殘留量，作為水產養殖食用魚的規范，以現今臺灣采用的分析技術（液相色譜串聯質譜分析）儀，LC / MS / MS），其檢測極限為0.5 ppb，比歐盟規范的2ppb還嚴苛。
當前許多國家都已已明訂禁止將孔雀綠使用于養殖（食用）魚類上。圖／ elljay @ pixabay CC0知識共享
盡管孔雀綠食下肚有安全之虞，它在水生殺菌消毒方面的表現仍然相當卓越，臺灣目前就允許孔雀綠用作“觀察傳染”的治療與疾病預防上，但規定每份包裝須小250mL或100g，孔雀綠內含量則需小于1％，以防濫用。我們在新聞上看到的食安風波，大都是因為不肖業者貪圖便宜，將孔雀綠用來預防“食用魚類”的各種疾病，或是在運輸過程中減少魚鱗因碰撞取代而造成的感染所致。
若僅微量低劑量的孔雀綠，在無分析儀器幫助下，很難以肉眼從外觀判斷有無孔雀綠殘留；但若是升高高濃度孔雀綠，就有些小技巧能幫助判斷。大家可觀察魚鰭，一般魚類的魚鰭根部是肉色或是微泛紅，撥開魚鰭放開后會立即回縮；若浸泡過孔雀綠，魚鰭的回縮性會變差，魚鰭根部也可能因孔雀綠水溶液殘留而呈現藍綠色。
如果單從外觀無法判斷，人們可以從其他地方辨認出來或有優良水產養殖場認證（Good Aquaculture Practive，GAP認證）的產品，降低購入不良商品的機率。 ，如果對餐廳食材有疑慮，則應盡量避免食用魚的糞便與內臟，可降低吸收孔雀綠的含量。萬一誤食含孔雀綠殘留的海鮮，而人們也沒有太過過驚慌，其劑量不至于于引其急性反應，唯有長期食用累積才可能造成身體危害，時時留意相關機構與新聞報導中抽驗不合格的商家，可以避免進一步取代。
編按：孔雀綠引入依附毒性化學物質列管為第四類毒物，無論制造，輸入，使用，販賣等，都需申請核可才可以運轉，而且必須定期進行切實可行，通過上述核可及申報制度，可以了解其流向，量化，需在容器包裝上標明“禁止用作食品”，以降低誤流用的可能。
三苯甲烷是指堿性分子中的三個氫被三個苯所取代的化合物，是許多人工染料的核心化學結構，轉變結構延伸合成的染料，被稱為三苯甲烷類染料，其中包含孔雀綠以及溴甲酚綠指示劑。
孔雀石是一種天然的礦石，為水合堿式碳酸銅Cu2（OH）2CO3，外觀為翠綠色，其粉末可以制成顏料，基本上可以轉變為埃及前王朝時代，利用眼影跟陵墓彩料。