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2-氯-6-氟氯芐可用于制備2?氯?6?氟苯甲醛。2?氯?6?氟苯甲醛是一種重要的有機合成中間體，在醫藥行業中，2?氯?6?氟苯甲醛主要用于生產抗菌性能良好的氟氯青霉素，是雙氯青霉素的換代產品，具有更好的療效；在農藥行業，2?氯?6?氟苯甲醛主要用于高效低毒殺菌劑的生產，被稱為擬生物農藥中間體。
向裝有回流冷凝管、尾氣吸收裝置和溫度計的500ml四口玻璃反應瓶中加入250g2?氯?6?氟甲苯和0.5ml三氯化磷(在此步驟中加入三氯化磷可以提高產品品質)，在金屬鹵化燈照射下保持180℃條件下通入氯氣得到2-氯-6-氟氯芐。用氣相色譜檢測反應瓶液相中2?氯?6?氟氯芐的含量，當檢測到2?氯?6?氟氯芐的含量小于0.5％時，停止通氯氣，同時向反應瓶中通入氮氣，除去瓶中未反應的氯氣。
2-氯-6-氟氯芐用于制備2?氯?6?氟苯甲醛的方法如下：
向2-氯-6-氟氯芐反應瓶液相中加入0.5g鐵系固體超強酸SO42?/Fe3O4，在180℃條件下將37.5g水在2小時內緩慢勻速滴入反應瓶，并保溫4小時，氣相色譜檢測2?氯?6?氟二氯芐、2?氯?6?氟三氯芐轉化完全，在95℃條件下緩慢加入碳酸鈉水溶液調節混合液的pH值為8，攪拌30分鐘，待液相分層后將水相和有機相分離。將有機相進行減壓蒸餾，得到2?氯?6?氟苯甲醛182g，氣相色譜檢測含量為99.7％，收率為95％。
球蟲病是一種原蟲類的寄生蟲疾病，它主要寄生蟲與動物的體內，特別是家禽(雞)非常普遍，對動物的機體造成較大的損害。雞球蟲病是由艾美耳屬一種或多種球蟲寄生于雞的腸上皮細胞內所引起的寄生性原蟲病。在世界各地普遍發生。發病率可達80～100％，死亡率20～30％，嚴重時高達80％，全世界因雞球蟲病所造成的損失每年約20億英鎊。在養雞生產中，幾乎所有雛雞飼料中都必須加入抗球蟲藥物，我國每年投入預防本病的藥物費用平均每羽雞0.3～0.5元，每年用于防治雞球蟲病的藥費達數億元人民幣，占雞病全部防治費用的近1/3。盡管化學藥物防治對于控制雞球蟲病的爆發和流行起了十分重要的作用，但迄今為止，雞球蟲病仍是造成養雞業巨大經濟損失的主要疾病之一。長期用藥的結果是使球蟲產生了耐藥性，球蟲耐藥性的產生一直困擾著養殖戶和獸醫工作者，有些雞群雖然使用抗球蟲藥，仍然面臨球蟲病的發生乃至暴發的威脅。
氟腺嘌呤是上個世紀有美國Merck公司開發的抗球蟲藥物，其主要結構與其他抗球蟲藥物不同，與其他抗球蟲藥無交叉耐藥性。經研究證實，氟腺嘌呤具有廣譜抗球蟲活性，對雞的多種艾美耳球蟲，如柔嫩艾美耳球蟲、脆弱艾美耳球蟲、毒害艾美耳球蟲、巨型艾美耳球蟲、堆型艾美耳球蟲、布氏艾美耳球蟲均有較強的抑制和殺滅作用，發揮了良好的防治效果，是一種高效、廣譜的抗球蟲藥。
2-氯-6-氟氯芐制備氟腺嘌呤的方法如下：
先在反應釜中加入適量的水，再加入一定比例的氫氧化鈉攪拌10分鐘后，加入腺嘌呤，攪拌溶解15分鐘后，用冷卻水降至室溫，保持10分鐘。然后先后添加的正己烷、2-氯-6氟氯芐。加入催化劑，升溫回流8-9小時；用冷卻水降溫降到常溫過濾甩干，最后稱重進烘房，烘8-12小時后降溫，得氟腺嘌呤粗品。
氟腺嘌呤純制方法比較多，以下是通過重結晶工藝制得氟腺嘌呤精品的方法：取適量冰醋酸加熱到50-80℃，加入氟腺嘌呤粗品，攪拌升溫到90℃，保持2-4小時。在第二反應釜中，加入水，加熱到70-90℃，攪拌下把第一反應釜中的熱的氟腺嘌呤冰醋酸溶液慢慢加入到第二反應釜中，形成過飽和溶液，然后用冷卻水降到室溫，固體析出，先對該固體進行抽濾，然后用離心機進行固液分離，再對離心所得的固體物水洗兩次去除雜質，最后在75-90℃下烘干得氟腺嘌呤精品。
[1][中國發明,中國發明授權]CN201210073142.1一種2-氯-6-氟苯甲醛的制備方法
[2][中國發明]CN201410221978.0一種抗球蟲藥物氟腺嘌呤的合成方法