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2，6-二氟苯甲酰氯可用作醫藥化工合成中間體。如果吸入2，6-二氟苯甲酰氯，請將患者移到新鮮空氣處；如果皮膚接觸，應脫去污染的衣著，用肥皂水和清水徹底沖洗皮膚，如有不適感，就醫；如果眼晴接觸，應分開眼瞼，用流動清水或生理鹽水沖洗，并立即就醫；如果食入，立即漱口，禁止催吐，應立即就醫。
2，6-二氟苯甲酰氯可用作醫藥化工合成中間體。其應用舉例如下：
1. 制備氟鈴脲。
制備過程包括下列步驟：(1)以3，5-二氯-4-(1，1，2，2-四氟乙氧基)苯胺和氰酸鈉為原料，在乙酸水溶液中，加入相轉移催化劑，于0-80℃反應1-12h，反應液過濾得濾餅經洗滌和干燥得3，5-二氯-4-(1，1，2，2-四氟乙氧基)苯脲；(2)在有機溶劑中，以無水氯化鋅和無水三氯化鋁的混合物為催化劑，以3，5-二氯-4-(1，1，2，2-四氟乙氧基)苯脲與2，6-二氟苯甲酰氯為原料，于65-150℃反應1-24h，反應過程中抽真空排除氯化氫氣體，反應結束經減壓蒸餾回收溶劑，冷卻后，加入質量分數5%的碳酸氫鈉溶液，調節pH至7-8，攪拌30min，反應液過濾得濾餅經洗滌、干燥和重結晶得氟鈴脲。工藝簡單合理、安全性高、副反應少、產物容易提純、反應收率及產品純度高，具有較大的工業化潛力和社會經濟效益。
2. 制備含羧基的雙氟單體。
具體步驟：是在氬氣氛圍下，以2，6-二氟苯甲酸為原料，二氯亞砜既作溶劑又作反應物，N，N-二甲基甲酰胺作催化劑制備2，6-二氟苯甲酰氯；再在氬氣氛圍、無水條件下，以無水三氯化鋁、2，6-二氟苯甲酰氯和3-苯基丙酸為原料，制備得到白色晶體雙氟單體，即3-[4-(2，6-二氟苯甲酰)苯基]丙酸。本發明制備合成的含羧基的聚芳醚，相比于普通聚芳醚聚合物引入了可電離的極性基團，可以應用于膜分離技術，由于其具備帶負電的羧基，可用于水分離膜的親水性能及抗污性能的提升，質子交換膜的傳導率改良。
3. 用于功能高分子材料領域，具體涉及一系列具有電活性的聚芳醚聚合物及該系列聚合物的制備方法。
其是將還原態的母體苯胺四聚體與2，6-二氟苯甲酰氯通過酰化反應得到含有苯胺鏈段的雙氟單體，再將雙氟單體、雙鹵素取代的二苯甲酮或二苯甲砜和雙酚單體進行三元共聚，通過調節二種雙鹵素取代單體的投料比例，得到一系列苯胺鏈段含量不同的側鏈型聚芳醚共聚物。該方法合成的苯胺齊聚物鏈段作為側鏈的聚芳醚聚合物具有明顯的電活性和良好的熱穩定性，且在常見的有機溶劑中溶解性好，可加工性高，在防腐涂層材料，封裝材料等方面具有廣闊的應用前景。
4. 制備N-叔丁基-N'-氟代苯甲酰基-取代吡啶甲酰肼衍生物。
N-叔丁基-N，N'-雙酰肼類化合物作為一種昆蟲生長調節劑，通過模擬20-羥基蛻皮酮刺激昆蟲蛻皮激素受體的過程來防治農業害蟲。由于這類化合物對鱗翅目等害蟲擁有高度的選擇性，對哺乳動物和魚等非靶標生物安全，對環境友好，因而被譽為“第三代農藥”。
其合成可以2，6-二氟苯甲酸為原料，經氯化形式2，6-二氟本甲酰氯，在合成中間體N-叔丁基-N'-氟取代苯甲酰肼3a～3b 過程中，使用了稍過量的氫氧化鈉和叔丁基肼鹽酸鹽，以阻止N-叔丁基-N'-取代苯甲酰肼3a～3b 與氟取代的苯甲酰氯2a～2b 發生進一步反應生成雙酰化的雜質。另外，由于氟原子為吸電子基團，在與酰基連接的苯環的鄰位上含有兩個氟的苯甲酰氯比含有一個氟的苯甲酰氯活性更強，叔丁基肼更易與2，6-二氟苯甲酰氯(2b)發生親核取代反應，所以3b 比3a 收率稍高。
步驟1：在裝有回流冷凝裝置的250毫升三口燒瓶內，依次加入2，6-二氟苯甲酸、無水KF、DMF和少量催化劑，加熱至回流，反應8h，冷卻，過濾，濾渣用DMF洗凈，合并濾液與洗液，減壓蒸除DMF，水洗，過濾得中間產品2，6-二氟苯甲酸，淡黃色固體。
步驟2：在裝有回流冷凝裝置的250毫升干燥的三口燒瓶內，依次加入2，6-二氟苯甲酸、亞硫酰氯和少量催化劑，加熱至回流，反應4h，蒸除過量的亞硫酰氯，得產品2，6-二氟苯甲酰氯，棕黃色液體。
[1]CN201310129728.X一種氟鈴脲的制備方法
[2]CN201510345369.0含羧基雙氟單體、制備方法及其在制備含羧基的聚芳醚中的應用
[3]CN201010293748.7側鏈型電活性聚芳醚聚合物及其制備方法
[4]N-叔丁基-N'-氟代苯甲酰基-取代吡啶甲酰肼衍生物的合成與殺蟲活性研究
[5]秦偉. 凝血酶抑制劑的設計與合成[D]. 中南大學, 2009.