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阿莫西林與氨芐西林的差別是，阿莫西林的分子上比氨芐西林多了一個羥基。就是這個差別，其大大降低了阿莫西林的親脂性，由此相比氨芐西林，阿莫西林的口服生物利用度得到了大幅的提升。
所以，給予畜禽口服同等劑量的阿莫西林和氨芐西林時，阿莫西林的生物利用度大大高于氨芐西林的生物利用度。
比如說，給狗狗分別口服同等劑量的阿莫西林和氨芐西林，氨芐西林的生物利用度為30%左右，而阿莫西林的生物利用度則高達65%。
另外，對于豬和禽來說，口服給藥的阿莫西林的生物利用度是氨芐西林的至少兩倍。
從給藥方式不同來比較其對阿莫西林和氨芐西林藥效的影響，拌料給藥比起飲水給藥（雖然都是口服給藥），其對阿莫西林和氨芐西林藥效的影響是明顯的。
拌料給藥相比集中飲水給藥，可使阿莫西林的生物利用度降低至少20%，使氨芐西林的生物利用度減少35%以上。
阿莫西林與氨芐西林相比，它是在氨芐西林的分子結構上加了一個羥基，所以阿莫西林又名“羥氨芐青霉素”。
這樣，由氨芐西林經過分子結構優化而得到的阿莫西林，便在一些藥理指標上比氨芐西林具有以下優勢。
首先來講，那就抗菌強度方面，阿莫西林對腸球菌和沙門氏菌的作用，比氨芐西林要強許多。單用阿莫西林，可以有效治療上述病原菌導致的畜禽腸道感染、雞白痢、傷寒等，而氨芐西林則較弱或不能。
其次，相比氨芐西林來講，阿莫西林的生物利用度大幅提高。對成年畜禽來說，阿莫西林口服生物利用度，可高達95%；而同期，口服同樣劑量的氨芐西林，其生物利用度才約35%左右。這樣，便使得阿莫西林對敏感菌導致的畜禽呼吸系統、主要臟器、生殖系統和泌尿系統等全身感染治療效果好。
再次，阿莫西林比氨芐西林吸收快。分別口服同樣劑量的阿莫西林和氨芐西林，兩個小時時測定血藥濃度，阿莫西林約為10ug/ml，氨芐西林則約為5ug/ml。并且，阿莫西林的血藥峰濃度，是氨芐西林的兩倍多。因此，阿莫西林比氨芐西林見效快。
最后，讓我們來看一下阿莫西林吸收、代謝治療效果的影響。口服吸收進入機體的阿莫西林，有約60%左右通過尿液被排出體外，還有約30%左右的阿莫西林通過膽汁排到腸道。這樣的一個藥物代謝特點，便使得阿莫西林對敏感細菌導致的畜禽腸道感染和泌尿系統感染的治療，效果很好。