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漢黃芩素有抗癌、抑菌、利尿、解痙、清熱、止痛等作用。漢黃芩素為黃芩提取物，黃芩為常用中藥，有清熱瀉火、解毒、止血、安胎等作用，其有效成分為黃酮類。目前從黃芩中提取并鑒定出結構的黃酮類成分已有十幾種，主要包括黃芩苷、漢黃芩苷、黃芩素、漢黃芩素、千層紙素等。
取黃芩藥材，粉碎過10目篩，加水浸泡4小時，濾過，藥渣加入15倍量的乙醇70℃提取2次，每次2小時，，濾過，合并濾液，減壓濃縮成相對密度1.05～1.15(40℃測)的濃縮液，將濃縮液置入大孔吸附樹脂分離柱中，采用濕法裝柱，用蒸餾水洗滌樹脂柱至水洗液呈無色，水洗液棄去，用95％乙醇以進行洗脫，收集第二條黃色帶的洗脫液，減壓濃縮至相對密度1.05～1.15(40℃測)地濃縮液。然后采用高速逆流色譜分離濃縮液，在室溫下分別將系統1(正己烷-丙酮-乙醇-水＝6∶4∶4∶9)，系統2(正己烷-正丁醇-乙醇-水＝2∶6∶5∶5)置于兩個分液漏斗中振搖，放置，分別取上、下相，將上相作為固定相，下相作為流動相，將固定相泵入色譜柱中，使柱中充滿固定相后，再讓儀器以800r/min轉動，同時將流動相以2.0ml/min的流速泵入。待流動相從出液端流出且兩相在色譜中達到動態平衡后，將樣品溶液注入色譜系統中，同時在出液端接紫外檢測器。在274nm波長處對流出液連續檢測，與漢黃芩素標準圖譜對應，收集液蒸除溶劑，干燥，得樣品。
取黃芩藥材20kg粉碎成粗粉，加水潤濕，并于20～30℃保溫過夜，用乙醇回流提取三次。減壓回收乙醇至無乙醇蒸出，殘余物加入85％的乙醇，加熱使大部分溶解，過濾，濾液用柱層析用硅膠，以柱層析法進行分離，用石油醚與氯仿1∶3洗脫，收取第二條黃色帶，即得漢黃芩素約100g，經純度檢查，主要為漢黃芩素(含量大于90％)，還含有少量黃芩素、千層紙素和白楊素化合物(含量小于10％)。
步驟1、同時提取：取黃芩飲片，加12質量倍水加熱回流提取2h，提取液過濾，濾渣加10倍量水再提取2次，每次1.5h，合并濾液，獲得黃芩苷、黃芩素和漢黃芩素的混合粗提液。
步驟2、分離：將上步粗提液減壓濃縮至每1mL含0.2g生藥，以4BV/h的流速上樣D101大孔吸附樹脂柱，上樣量為1BV，先以水洗脫至流出液無色，依次以10BV60%乙醇，6BV80%的乙醇分別洗脫，收集60%的乙醇洗脫液，主要成分為黃芩苷，收集80%的乙醇洗脫液，主要成分為黃芩素和漢黃芩素。將黃芩苷類洗脫液濃縮成每mL含0.5g生藥，用2mol/L鹽酸調節pH值至2，80℃保溫0.5h，靜置12h，減壓濾過，沉淀水洗至pH值至5.0，再用少量乙醇洗滌，揮盡乙醇，減壓干燥，即得黃芩苷，液相色譜面積歸一化法測得其純度為95%，以黃芩中所含黃芩苷計提取率為87%。將黃芩素、漢黃芩素的混合洗脫液蒸干，所得黃芩素、漢黃芩素的混合物以少量無水甲醇溶解，上sephadexLH-20凝膠柱，每mL凝膠上樣20~50mg混合物，上樣體積為凝膠柱體積的3~5%，以無水甲醇洗脫，待凝膠柱上黃色條帶下移至柱底端開始分段接流分，每份10mL，視液相色譜結果合并流分，揮干溶劑，即得黃芩素、漢黃芩素純品，液相色譜面積歸一化法測得他們的純度分別為99%和97%，以黃芩中所含黃芩素計黃芩素提取率為88%，以黃芩中所含漢黃芩素計漢黃芩素的提取率為92%。
[1][中國發明]CN200710015979.X一種提取分離高純度漢黃芩素的制備工藝
[2][中國發明,中國發明授權]CN200310110337.X漢黃芩素的提取工藝、藥用組合物及制劑制備工藝
[3][中國發明,中國發明授權]CN201510086688.4一種從黃芩中同時提取黃芩苷、黃芩素和漢黃芩素的方法