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凝膠純化可以根據大小分離和純化DNA片段。該程序從標準瓊脂糖凝膠電泳開始，根據堿基對的長度分離DNA。在電泳后，可以從瓊脂糖凝膠中切下DNA條帶，然后純化DNA樣品。這是一種常用的分子克隆技術，例如基于克隆的聚合酶鏈反應或限制性酶。
1.根據瓊脂糖凝膠電泳的Protocol做如下修改：
注：凝膠純化可以使用盡可能低濃度的瓊脂糖凝膠（在可分辨的范圍），所以如果可能的話保持在0.7%-0.8%的范圍內。
注：需要得到分辨更好的條帶。這可以通過使用更寬的凝膠梳和在較低電壓下運行凝膠來實現。
注：如果想要預留更多的位置來切取條帶和減少DNA污染，可以在樣品-樣品之間預留空泳道。
注：為了減少DNA損傷的風險，最好限制DNA在紫外線下暴露的時間。
2.一旦凝膠電泳結束，需要把凝膠移動到一個紫外線箱中(確保適當的紫外線保護--尤其是對你的眼睛！)，由于塑料會阻擋大部分紫外線，所以需要從凝膠托盤上取下凝膠，之后用干凈的無菌刀片，從凝膠中切取所需的DNA片段。
注：為了保護紫外線箱，如果可以的話，把凝膠放在玻璃板上是個好主意。與塑料托盤相比，玻璃板將不會顯著減少紫外線，但將保護紫外線盒不被刀片切割。
注：試著將條帶周圍多余的凝膠去除。在DNA純化過程中，這一點尤為重要，因為許多試劑盒不能在一個體系中處理超過固定體積的凝膠。
3.將凝膠放入標記的EP管中。
4.用秤稱量。用空管對體系進行校零，之后對凝膠進行稱重。或者，可以用凝膠管的重量減去空管的重量。凝膠的重量與其液體體積成正比，用于確定在DNA分離過程中每個緩沖液的添加量。
5.最后，需要從凝膠中分離出DNA。這是可以使用商用的凝膠純化試劑盒。遵循相關說明書完成實驗即可。
注：在使用凝膠純化的DNA進行下一步實驗之前，確定分離出的DNA的濃度通常是很重要的。
怎樣才能更好地提高條帶的分辨率？
提高DNA條帶分辨率的幾種簡單方法包括：
(A)在較低電壓下運行較長時間的電泳；
(B)使用更寬的凝膠梳；
(C)在上樣孔中加入較少的DNA。
怎樣才能更好地分離條帶？
如果大小相近的條帶，可以通過調整凝膠百分比，使之更好的分離。較高比例的瓊脂糖凝膠將有助于分離較小的條帶，而較低百分比的凝膠將有助于分離較大的條帶。
10%規(guī)則：
對于樣品，要比所需的體積多10%，因為可能會在上樣過程中丟失幾個微升。例如，如果要在10μL中加1.0μg的DNA，則在11μL中加入1.1μg。